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國立中興大學 生命科學系所 李宗翰所指導 胡耀中的 廣鹽性恆河稻田魚 (Oryzias dancena) 鰓在低溫下之轉錄體分析與細胞反應 （2019），提出DS218play ptt關鍵因素是什麼，來自於恆河稻田魚、低溫、轉錄體、脂筏、粒線體生合成。

而第二篇論文國立臺灣大學 農藝學研究所 張孟基、邢禹依所指導 張嘉玲的 一、來自TRIM 突變庫水稻不稔實突變株sstl之研究二、水稻黃斑駁病毒RYMV 中P1蛋白感染寄主的作用功能 （2018），提出因為有 花藥發育、小孢子、轉錄體學分析、花粉、不稔實、RYMV、P1、寄主防禦、複製、運移的重點而找出了 DS218play ptt的解答。

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廣鹽性恆河稻田魚 (Oryzias dancena) 鰓在低溫下之轉錄體分析與細胞反應

為了解決DS218play ptt的問題，作者胡耀中 這樣論述：

魚類的鰓是直接與環境水域接觸的器官，俱有許多功能，包含呼吸和滲透壓調節。因此，鰓上的細胞需要持續地維持其功能，包括細胞本身的能量運用、滲透壓平衡、甚至新舊細胞的更新，以便適時反應外在水域環境變化。水域環境的變化包含其溶質的濃度變化和影響溶質溶解的因素--溫度的變化；淡水與海水環境中的鹽度差異即是前者。廣鹽性魚類具備可生存在淡水和海水的能力，其鰓表皮細胞也因應各種環境鹽度而有不同的滲透壓調節功能；因此，溫度可能影響廣鹽性魚類的鰓，造成其不同的生理反應。恆河稻田魚 (Oryzias dancena) 由於來源穩定、馴養方便、鹽度和溫度適應性皆良好，本論文以其為實驗模式魚種，以次世代定序分析獲得轉

錄體基因資料資料庫和蛋白質表現測定等方法，來比較在淡水和海水馴養的恆河稻田魚在面臨兩種不同程度的低溫 (降低攝氏10°C之18°C與最低耐受溫度15°C) 時，鰓的能量運用、滲透壓平衡、甚至新舊細胞的更新的變化，以及與粒線體生源變化之相關影響。利用次世代定序的結果，本論文研究首先進行轉錄體序列的重新組裝 (de novo assembly) 並以擁有最佳N50序列長度之結果完成重新組裝，接著進行GO和KEGG分類與命名，最後將命名之序列作為模板，並分析其在不同鹽度及溫度環境中的表現量。第二部分實驗結果發現，馴養在淡、海水的個體，低溫也對其上鰓的離子調節功能有不同的影響，淡水個體受到15°C低溫

一週後會造成細胞膜上的脂筏減少，並減少Na+, K+-ATPase (NKA) 的分布，而海水個體面臨低溫脂筏 (lipid rafts) 含量雖在短時間降低，但一週後可恢復至28 °C時的表現量，且NKA表現亦顯著增加，而V-type H+ ATPase subunit A (VHA-A) 的表現則有和NKA相反的趨勢。除海水15 °C組，其餘各組結果發現，低溫對VHA-A表現皆有顯著的影響。轉錄體結果顯示，除了VHA和NKA等負責提供驅動力之幫浦蛋白外，其餘被動運輸的蛋白表現在低溫刺激時皆趨於下降，而淡水個體在面臨低溫時可能藉由VHA提供額外的離子驅動力；海水個體則靠NKA提供。最後也發現

，低溫也對淡水與海水個體的能量提供造成不同的影響。鰓表皮上有許多“富含粒線體細胞”(mitochondria-rich cells)，粒線體是細胞的能量工廠，藉由比較淡、海水之間粒線體的差異發現，海水的粒線體體積較淡水大，含有較多細胞色素c氧化酶 (COX)，對能量需求較多。比較淡、海水個體面臨低溫時的轉錄體結果，發現淡水個體面臨15 °C低溫，造成檸檬酸循環和氧化磷酸化路徑中大部分基因顯著下降，而海水魚在18 °C或15 °C中，氧化磷酸化路徑皆有部分基因表現上升，而分析粒線體生合成相關的基因表現亦發現低溫造成淡水個體的電子傳遞鏈相關基因表現降低，而海水個體相關基因表現則為上升趨勢。綜上所述

，恆河稻田魚的鰓在面臨兩種低溫時，15 °C為較大的刺激，且在一週後淡水較海水反應更為劇烈。然而，在淡水15 °C時，恆河稻田魚藉由增生組織、降低被動運輸和減少能量消耗來面對低溫挑戰；而海水個體面臨低溫時，則以提升主動運輸的NKA表現，並提高產生能量的電子傳遞鏈相關基因表現，以配合NKA的耗能來適應低溫環境。

一、來自TRIM 突變庫水稻不稔實突變株sstl之研究二、水稻黃斑駁病毒RYMV 中P1蛋白感染寄主的作用功能

為了解決DS218play ptt的問題，作者張嘉玲 這樣論述：

水稻是世界上主要的糧食作物之一，直到2025年將會有超過39億人口以稻米作為主要食物來源。特別是在亞洲和非洲地區，由於人口的急劇增加，水稻的產量遠遠落後於人口的需要，同時因食品安全的問題與日益嚴重的環境變化，使得調整作物適應氣候變遷，建立永續農業，解決餵養世界人口等成為迫切關注之議題。為此，我們在本論文中提出涵蓋兩個不同主題之研究，希望得以針對來自水稻不稔實突變體，瞭解其不稔實之可能原因。另外亦利用水稻黃斑駁病毒 (RYMV) ，瞭解其病毒P1蛋白在感染寄主的作用功能。一、來自TRIM突變庫水稻不稔實突變株sstl之研究 水稻未發育的花藥或異常花粉導致雄性不稔實，進而引起產量嚴重銳減。

因此了解水稻雄性不育機制是一重要研究課題。我們根據水稻發育中具有不稔實之花穗形態，找出一T-DNA未標記的插入突變體sst1。而在其後代分離族群中，完全不稔實的突變株 (sstl-s) 更是表現出其花粉嚴重缺陷與毫無萌發活力。此外在不稔實sstl-s的花藥轉錄體學分析中也透露，因生物代謝途徑的顯著差異，例如細胞壁代謝、脂質、二級代謝物和澱粉合成相關基因的異常抑制表現，造成sstl-s花藥的形態具有不規則的花粉外壁、沒有花粉內壁結構、花粉中毫無澱粉累積、與花藥中因缺乏黃酮類化合物而導致的白色花藥。此外在sstl-s也觀察到因其小孢子囊的缺陷而導致異常的花藥室和中止小孢子發育。對此，藉由sstl-

s我們闡述小孢子發育的重要性與脂質、澱粉和細胞壁合成相關基因的表達有關，進一步了解sstl-s孢子囊的缺失在花藥和功能性小孢子發育中，能關鍵決定花粉的不稔實。二、水稻黃斑駁病毒RYMV中P1蛋白感染寄主的作用功能 水稻黃斑駁病毒RYMV遍布在非洲各國，對水稻造成嚴重破壞導致水稻產量大幅下降。研究RYMV中的病毒蛋白P1，能使我們更了解病毒感染的機制。P1是一病毒抑制子，屬新型鋅指蛋白，其能藉由氧化還原作用而調節與鋅之結合能力，進而改變其蛋白構造。由於P1在病毒傳播中的作用仍不甚清楚，為此在我們的研究中，將針對P1在病毒複製、運移與抵禦寄主的可能機制進行探討。我們研究指出，具突變的P1病毒

RYMV仍可以被複製，但複製能力比正常病毒低。具有突變的P1 RYMV，複製病毒RNA的效率從原本24 hrs會下降至48 hrs，表明功能性P1不僅調節病毒複製，還可能維持病毒RNA的穩定性。此外突變的P1 RYMV在感染水稻植物後，沒有顯示出病毒累積也無病癥，表示P1可能會幫助感染後病毒的傳播，而P1蛋白也顯示位在與細胞內物質分泌相關的胞器內質網上。同時我們也觀察到P1蛋白可在兩個相鄰細胞之間運移傳遞，了解到P1可能具有移動能力。熱誘導轉基因水稻也顯示P1轉錄體在熱處理後，可從下部葉片移動到未經熱處理的上部葉片，這一證據強烈表明P1可能參與病毒的長距離的移動。成功的病毒感染除了病毒本身的致

病力，還需由寄主防禦機制來決定。我們的結果顯示具有功能的P1病毒可以通過降低抵禦生物逆境相關基因如PR10A和CPR5的表現，來幫助病毒抵制寄主防禦。此外P1在易受RYMV感染的水稻品種中，也可藉其抑制DCL-like和AGO的表達量來影響寄主RNA靜默途徑，進而使寄主易感病。總結上述結果，我們瞭解病毒P1蛋白作為多功能角色，包含參與病毒複製、運動以及對寄主的反擊之重要性。

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