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國立臺灣大學 生醫電子與資訊學研究所 盧子彬、湯森林所指導 陳煜翔的 利用以基因組為中心的宏基因組學方法從微生物組數據中發現新見解 （2021），提出SP UD70 PTT關鍵因素是什麼，來自於宏基因體。
而第二篇論文長庚大學 醫學生物技術暨檢驗學系 郭瑞琳所指導 張君如的 受腸病毒RNA複製酶調控之宿主蛋白質對病毒複製的影響 （2020），提出因為有 腸病毒71型、3D蛋白質、TRAPPC5、ARF5、VPS51的重點而找出了 SP UD70 PTT的解答。
利用以基因組為中心的宏基因組學方法從微生物組數據中發現新見解
為了解決SP UD70 PTT 的問題，作者陳煜翔 這樣論述：
過去十年，隨著高通量核酸定序和生物資訊學技術的快速發展，宏基因體定序數據已被廣泛用於探索微生物基因體。此高通量核酸定序法解決了傳統微生物學方法難以解決的重大問題，例如，宏基因組霰彈槍定序使我們能推測難以培養的微生物其潛在功能和生理特徵，這些知識無法透過培養其微生物而獲得。宏基因體技術的發展使我們能從複雜群落中組裝微生物基因體，並研究這些微生物基因體的特徵，這種方法稱為以基因組為中心的宏基因體學。透過宏基因體學，我們能深入了解生態系統中各個微生物的潛在作用。雖然該方法在微生物研究中已提供許多新知識，但與從純培養物中組裝的基因體相比，從微生物群體中組裝的基因體的品質通常較差。本論文應用了多種方法
來解決此困境，第1章簡介了當代以基因組為中心的宏基因組學方法的實踐、應用和問題，第2章描述了珊瑚骨骼中Prosthecochloris基因體的組裝，第3章描述了結合短讀長與長讀長定序法以取得星野黑皮海綿中藍綠菌的完整基因體，第4章敘述了應用短讀長與長讀長定序法從複雜微生物群落中取得數個高品質的微生物基因體，第5章總結並討論了此論文的結果。第2章成功組裝了珊瑚骨骼中Prosthecochloris基因體。先前的研究顯示，有一群綠硫菌－Prosthecochloris－廣泛存在珊瑚骨骼中，其有共通的親緣關係，故被稱為coral-associated Prosthecochloris (CAP)。其
可能在維持珊瑚健康方面扮演重要角色。然而，尚未有CAP能被培養，此外從珊瑚骨骼宏基因組中取得的 CAP 基因體的品質很差，使我們難以藉由此基因體分析探索 CAP 的假定功能。因此，在這項研究中，我從珊瑚骨骼培養中重建了高品質的 CAP 基因體，並基於其基因體描述此細菌的特徵進而提出了其可能的共生作用。第3章為關於星野黑皮海綿中藍綠菌的基因體組裝。短讀長之宏基因組數據的組裝通常使我們獲得高度片段化的序列。高片段化的序列會丟失有關基因順序的訊息並阻礙我們取得高品質的基因體。例如，在以短讀長定序組裝珊瑚殺手星野黑皮海綿的微生物基因體時，我們只能取得碎片化的基因體，並且基因體含有自其他物種的序列污染，
此影響了我們對於星野黑皮海綿內藍綠菌的研究。在本論文中，我結合 Nanopore 和 Illumina 定序平台來獲取星野黑皮海綿內藍綠菌的完整基因體。第4章描述了以Nanopore 和 Illumina 定序平台從複雜微生物群落中取得數個高品質的微生物基因體。星野黑皮海綿內藍綠菌的完整基因體之取得表明了使用混合平台的實用性。然而，從具有復雜微生物群落的宏基因體中取得基因體較為困難。在此，我發展了一種新的分析流程。我結合 Nanopore 和 Illumina 序列，從復雜的微生物群落中取得高品質的微生物基因體。我應用了此新的分析流程，並成功地組裝來自一個不完全對流湖中數百個新的微生物基因體。
此結果表明該分析流程的實用性。最後，第5章總結了本論文的結果，並討論各未來研究的方向。
受腸病毒RNA複製酶調控之宿主蛋白質對病毒複製的影響
為了解決SP UD70 PTT 的問題，作者張君如 這樣論述：
目錄指導教授推薦書口試委員會審定書中文摘要 i英文摘要 ii目錄 iii圖目錄 vii表目錄 ix第一章、研究背景與文獻回顧 11.1腸病毒 (Enterovirus) 11.1.1腸病毒的分類 11.1.2腸病毒71型的流行病學 11.1.3腸病毒的結構與基因體 21.1.4腸病毒的生活史 31.1.5腸病毒之3D蛋白質 51.2 Trafficking protein particle complex subunit 5 (TRAPPC5) 61.3 ADP-ribosylation factor 5 (ARF
5) 71.4 Vacuolar protein sorting-associated protein 51 homolog (VPS51) 8第二章、研究動機與目的 102.1研究動機 102.2實驗目的 10第三章、研究目標與設計 113.1以iTRAQ-MS技術分析在轉染腸病毒71型3D蛋白質體後細胞蛋白質的變化 113.2驗證由iTRAQ-MS與RNAseq以及多核糖體RNAseq所篩選出的宿主蛋白質 113.3探討篩選出的目標宿主蛋白質是否影響病毒的複製 113.4探討目標宿主細胞蛋白質對腸病毒71型複製的調控 12第四章、
實驗材料與方法 134.1細胞株與細胞培養 134.2抽取質體DNA 134.3 細胞轉染及小干擾RNA (siRNA) 144.3.1轉染質體DNA到RD細胞 144.3.2小干擾RNA (siRNA) 144.4病毒株與病毒感染 154.4.1病毒株與病毒放大 154.4.2病毒感染 164.5 萃取細胞蛋白質、RNA及收取病毒液樣本 164.5.1萃取蛋白質樣本 164.5.2萃取RNA樣本 174.5.3收取病毒液樣本 174.6蛋白質定量 184.7西方墨點法 (Western blot) 18
4.8 免疫螢光染色(IFA) 194.9 反轉錄即時聚合酶鏈鎖反應 (RT-QPCR) 204.9.1反轉錄反應 204.9.2即時聚合酶鏈鎖反應 214.10病毒斑試驗(plaque assay) 214.11 iTRAQ-MS定量蛋白體技術(本實驗由吳治慶老師實驗室操作) 22第五章、實驗結果 245.1轉染腸病毒71型3D蛋白質的質體到RD細胞中 245.2使用iTRAQ-MS與RNAseq分析在轉染腸病毒71型3D蛋白質體後細胞蛋白質的變化 245.3驗證iTRAQ-MS分析所偵測到的結果 265.4 減少細胞中的目標基因表
現對病毒複製的影響 285.4.1以EV-A71 感染經TRAPPC5 siRNA knockdown後的RD細胞 285.4.2以EV-A71 感染經ARF5 siRNA knockdown後的細胞 295.4.3抑制宿主細胞中內源性VPS51可影響腸病毒71型的生長 305.5 VPS51未發現與腸病毒71型的ROs產生共定位 31第六章、討論 32參考文獻 37圖 45表 68附錄 78圖目錄圖一、轉染EV71 C2_3D蛋白質的plasmid DNA到RD細胞 45圖二、經過iTRAQ-MS分析up-regulated和
down-regulated之流程 46圖三、以iTRAQ-MS分析之數據與多核醣體RNAseq數據交集之結果 47圖四、以qPCR偵測iTRAQ-MS所篩選出up-regulated的宿主細胞蛋白質之相對mRNA表現量 48圖五、以qPCR偵測iTRAQ-MS所篩選出down-regulated的宿主細胞蛋白質之相對mRNA表現量 49圖六、偵測RNAseq所篩選出之宿主基因的相對mRNA表現量 50圖七、TRAPPC5、ARF5及VPS51在被感染EV-A71的細胞中表現量上升 51圖八、以西方墨點法驗證經iTRAQ-MS分析結果 52圖九、以低病
毒量的EV71感染經TRAPPC5 siRNA knockdown後的RD細胞 53圖十、以高病毒量的EV71感染經TRAPPC5 siRNA knockdown後的RD細胞 54圖十一、以低病毒量的EV71感染經ARF5 siRNA knockdown的RD細胞 56圖十二、以高病毒量的EV71感染經siARF5 knockdown的RD細胞 58圖十三、以低病毒量的EV71感染經VPS51 siRNA knockdown的RD細胞 60圖十四、以高病毒量的EV71感染經VPS51 siRNA knockdown的RD細胞 62圖十五、抑制VPS51可對受
感染細胞內與細胞外的病毒量造成影響 64圖十六、VPS51未發現與ROs產生共定位之現象 66圖十七、VPS51僅微弱的與3D蛋白質產生重合訊號 67表目錄表一、本研究所使用之RT-qPCR primer 68表二、本研究所使用之siRNA 70表三、使用iTRAQ-MS所分析到的蛋白質 71表四、使用DAVID分析中的biological process (BP)於iTRAQ-MS二重複皆為表現量上升的蛋白質(mean+1SD) 77