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國立陽明大學 生物醫學資訊研究所 巫坤品所指導 田惟升的 裁切膜蛋白預測工具與資料庫建置 （2016），提出VW 508 509 vs 504 50關鍵因素是什麼，來自於膜蛋白。

而第二篇論文國立嘉義大學 獸醫學系研究所 陳秋麟、羅登源所指導 林玖慧的 台灣火雞跗關節障礙暨其病原、臨床症狀與病理學變化之特性 （2015），提出因為有 火雞、跗關節障礙、風險因子、相互關係的重點而找出了 VW 508 509 vs 504 50的解答。

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裁切膜蛋白預測工具與資料庫建置

為了解決VW 508 509 vs 504 50的問題，作者田惟升 這樣論述：

Chinese Abstract隨著越來越多癌症與疾病相關的生物標記被識別之後，生物標記的開發在生物研究和醫學診斷已成為新興的領域。由於非侵入性的生物標記，在臨床上易於取得，針對非侵入性的生物標誌進行開發已成為一個新趨勢，也因此分泌蛋白生物標記的識別一直受到高度重視。已知大多數分泌蛋白會透過傳統的分泌途徑進行蛋白分泌，然而，有些細胞膜蛋白也會透過細胞外切被釋放到細胞外環境。由於研究發現，細胞膜蛋白的細胞外切現象參與了細胞各種不同的生理和疾病的調節過程，因此，被外切並釋放到細胞外的膜蛋白或許也可成為非侵入性的生物標記的來源之一。先前關於膜蛋白的研究顯示，只有大約2％或4％細胞表面分子的會有細胞

外切的現象;因此，很顯然，不是每一個膜蛋白都會通過細胞外切被釋放至細胞外。在此種情況下，去評估一個膜蛋白是否會從細胞中被釋放，以及識別出藉由外切釋放到細胞外並具有臨床應用潛力的膜蛋白標記，已經是重要不可或缺的。本篇論文研究首先開發出一個計算模型產生的分類工具ShedP，用以預測膜蛋白的細胞外切的現象。當ShedP與其他目前已存在的預測工具整合，我們建立了一個篩選的工具平台SecretePipe，能夠同時預測具有信號胜肽的非膜蛋白類型的分泌蛋白質和預測會藉由細胞外切現象而從細胞中被釋放的膜蛋白。我們的結果顯示，藉由整合了ShedP，SecretePipe預測分泌蛋白數據的結果勝過其他當前最先進的

預測工具。因為具備了預測膜蛋白細胞外切的能力，SecretePipe預測膜蛋白釋放至細胞外的預測能力比其他預測工具更好，也增強了SecretePipe在識別非侵入性的生物標記上應用的潛力。此外，在論文研究中也建構了關於細胞外切膜蛋白的資料庫SheddomeDB。藉由收集在公開文獻中已被證實具有細胞外切現象的膜蛋白，SheddomeDB可供生物研究和臨床人員研究查詢目前已知具有細胞外切現象的膜蛋白。 從445關於膜蛋白細胞外切研究文獻中，收錄了401個經過驗證會經由細胞外切而釋放至細胞外的膜蛋白，其中199膜蛋白尚未被已知的資料庫標註或驗證。 SheddomeDB試圖針對細胞外切膜蛋白提供全面性

的的資訊，包括膜蛋白外切機制調控和相關的功能或疾病。 SheddomeDB資料庫可用於幫助識別找出可作為生物標誌的細胞外切膜蛋白，並幫助了解膜蛋白細胞外切的生理和病理過程中的調控作用。因此，當越來越多膜蛋白被發現藉由細胞外切的方式被釋放至細胞外，並且越來越多的研究揭示膜蛋白細胞外切參與各種過程和病理調節的作用，去識別因細胞外切而釋放的膜蛋白已成為非侵入性生物標記開發和sheddome蛋白質體學領域重要不可或缺的。為了幫助在膜蛋白細胞外切的研究並提供細胞生物學家和臨床研究人員提供了有用的資料庫資源，在本篇的論文研究提供了兩個生物資訊學的專案工具。首先，整合細胞外切預測工具ShedP的平台Secr

etePipe有助於評估一個未知的或未記錄膜蛋白被切割並從細胞釋放的可能性。接著，SheddomeDB資料庫整理出目前已知存在經過實驗驗證的細胞外切膜蛋白。這兩種設計研究已可公開並利用以下的網址使用查詢 http://bal.ym.edu.tw/SecretePipe/ 以及http://bal.ym.edu.tw/SheddomeDB/.

台灣火雞跗關節障礙暨其病原、臨床症狀與病理學變化之特性

為了解決VW 508 509 vs 504 50的問題，作者林玖慧 這樣論述：

　　台灣火雞業者常反映飼養期間的火雞有跗關節障礙問題，通常影響火雞腳部運動障礙的原因包含傳染性因子及非傳染性因子，然而至今台灣尚無相關傳染性因子報告。本研究分為二部份，第一部份為火雞場現場問卷，2014年訪問中華民國養火雞協會58位會員，共收集32份有效問卷 (55.17 %; 32/58)，分析對火雞場內有跗關節障礙疫情的風險因子；第二部份自國立嘉義大學雲嘉南動物疾病診斷中心2013年3月至2015年9月收集之火雞跗關節障礙病例進行臨床症狀鑑別、病理學變化及主要病原檢診，並分析三者間的相互關係。問卷資料及火雞臨床病例報告使用Microsoft Excel及IBM SPSS統計軟體以卡方檢定

、相對風險、肯德爾等級係數及二元邏輯迴歸進行分析。由現場問卷資料分析結果顯現場內有火雞跗關節疫情的風險因子為鄰近火雞場、雞場或水禽場 (p < 0.01)，公禽發病比例大於母禽 (p < 0.01)，疫情好發年齡為91-120日齡 (62.5 %; 17/27, p < 0.05)，設置機動消毒設備可降低疫情發生的風險 (relative risk = 2.2)。火雞臨床病例共44例，具腳部運動障礙42例，其中自內臟分離出大腸桿菌35.7 % (15/42)，直接由跗關節內檢測出大腸桿菌 (Escherichia coli; E. coli) 7.1 % (3/42)。分子生物學檢出滑膜炎黴漿

菌 (Mycoplasma synoviae; MS) 35.7 % (15/42)，臨床症狀呈現軟腳佔71.4 % (30/42) 及跛腳佔47.6 % (20/42)，肉眼病理學變化為跗關節腫脹76.2 % (32/42, p < 0.01) 及跗關節內關節囊液增多66.7 % (28/42, p < 0.01)，組織病理學變化主要為滑膜異嗜球浸潤47.6 % (20/42)、滑膜細胞增生33.3 % (14/42)、跗關節腔內異嗜球浸潤28.6 % (12/42) 及纖維素性滲出液蓄積28.6 % (12/42, p < 0.05)。火雞跗關節障礙臨床病例特性的交互關係方面，臨床症狀呈現

跛腳與跗關節病理學變化包含關節腫脹、關節囊液增多、關節腔內異嗜球性纖維性滲出液蓄積及滑膜絨毛形成，與跗關節障礙相關病原檢出MS或E. coli三者之間具有正相關性 (p < 0.05)，且在感染MS或E. coli的火雞病例中，跗關節病理學變化表現上主要為慢性滑膜炎病變。此外，火雞病例臨床症狀呈現跛腳或肉眼病變呈現跗關節腫脹與Landman及Feberwee於2012發表之組織病理學滑膜炎評分標準積分結果有極顯著正相關性 (p < 0.01)。由MS之16S rDNA部分基因序列繪製火雞源及雞源之親緣性關係，兩者間並無差異，推測之間有交叉汙染。本研究結果除可提供診斷及現場預防控制的重要參考依據

，欲進行與火雞呈現跛腳或跗關節腫脹相關研究時，推薦使用Landman及Feberwee於2012年發表之滑膜炎評分標準。

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