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利用腫瘤組織定量蛋白體技術找尋非小細胞肺癌早期診斷之生物標記分子

為了解決cb1100rs分期的問題，作者許瓊鴻 這樣論述：

指導教授推薦書.......................................................論文口試委員會審定書..................................................誌謝...............................................................iii中文摘要.............................................................iv英文摘要......................................

........................v目錄.................................................................vi圖表目錄..............................................................ix第一章、研究背景第一節、肺癌...........................................................1一、死亡率統計.........................................................

1二、肺癌的危險因子......................................................2三、肺癌的臨床分類及分期.................................................3四、肺癌目前的主要檢測方式...............................................5五、肺癌目前的治療方式...................................................6第二節、定量蛋白質體技術平台...................................

...........8第三節、肺癌腫瘤組織定量蛋白體............................................11第二章、研究目的及策略第一節、研究動機及目的...................................................13第二節、研究策略........................................................13第三章、實驗材料與方法第一節、肺癌病人臨床樣品..................................................15第二節、肺癌病人腫瘤組

織樣品萃取...........................................16第三節、以 iTRAQTM 標定方式作為周邊正常肺組織樣品與腫瘤肺組織樣品作同位素標定....16第四節、二維液相電噴灑串聯式質譜分析(two-dimensional liquidchromatography electrospray ionization-tadem MS, 2D LC-ESIMS/MS)................................................................18第五節、蛋白質資料庫比對與生物資訊學分析..........

...........................20第六節、MetaCoreTM 生物資訊學分析.........................................21第七節、肺腺癌細胞株之分泌蛋白質體資料庫之來源................................22第八節、西方點墨法(Western blot).........................................23第九節、免疫組織化學染色法(Immunohistochemistry)...........................24第十節、酵素連結免疫吸附分析法(Enz

yme-Linked Immuno-sorbent Assay)..........26第十一節、Accurate Inclusion Mass Screening (AIMS).......................28第十二節、LCT-005 isoform 1 (short form) 抗體的製備與純化...................32第四章、實驗結果第一節、以定量蛋白質體技術平台建立肺腺癌組織蛋白質體資料庫........................36第二節、利用MetaCoreTM 生物資訊軟體分析蛋白質之生物路徑(pathway analysis).......

37第三節、整合肺腺癌組織蛋白質體資料庫及肺腺癌細胞株之分泌蛋白質體資料庫找尋非小細胞肺癌早期診斷相關的腫瘤生物標記蛋白分子..............................................39第四節、以西方點墨法驗證所選取之11 個候選蛋白分子...............................40第五節、以免疫組織化學染色法驗證所選取之8 個候選蛋白分子..........................44第六節、Accurate Inclusion Mass Screening (AIMS)目前分析之初步結果...........45第七節、以西方點

墨法(Western blot)及間接免疫分析法(Indirect ELISA)測試LCT-007抗原抗體是否相互辨識........................................................46第八節、以三明治酵素連結免疫吸附分析法(Sandwich ELISA)測試肺癌病人血清中LCT-007 含量..48第九節、以三明治酵素連結免疫吸附分析法(Sandwich ELISA)進行臨床血清樣品的驗證.......48第十節、以西方點墨法驗證自己製備的LCT-005 isoform 1 (short form)抗體...........49第五章、問題討論

第一節、肺組織樣品受血液干擾.................................................51第二節、Aminoacyl-tRNA synthetase 與癌症之相關性............................51第三節、Ribosomal proteins 與癌症之相關性...................................53第四節、LCT-005 在肺癌組織中之表現...........................................54第五節、LCT-007 表現量於肺癌組織樣品與血清樣品中的相關性...

......................55第六節、肺腫瘤組織蛋白體相關研究討論...........................................55第七節、以Multiple Reaction Monitoring (MRM)平台找尋可應用於血清檢體的早期肺癌生物標記分子..................................................................58第八節、以肺腫瘤組織蛋白體技術找尋早期偵測非小細胞肺癌生物標記分子之臨床應用價值......60第六章、未來計劃...........................

................................61參考文獻..................................................................63附表表一、46 對成對非小細胞肺癌組織檢體病人臨床資料.................................72表二、候選蛋白分子抗體及抗原資訊..............................................73表三、153 個在肺腺癌腫瘤組織相較於正常肺組織表現量上升之蛋白質....................74表四、229 個在肺腺癌腫

瘤組織相較於正常肺組織表現量下降之蛋白質....................82表五、11 個候選蛋白分子文獻搜尋資訊...........................................93表六、以西方點墨法驗證8 個候選蛋白分子總表.....................................95表七、AIMS---MRM peptides inclusion lists.................................96表八、150 個血清樣品病患臨床資料..........................................

....97表九、Ribosomal proteins 文獻搜尋資訊........................................98附圖圖一、實驗流程圖及研究策略...................................................100圖二、以 Nor (114)為比值校對基準將各別腫瘤分期的質譜定量數值與其個數繪成之常態分布圖形..101圖三、肺癌腫瘤組織定量蛋白體資料庫在肺癌組織中表現量上升及表現量下降之蛋白質分布圖形....102圖四、利用MetaCoreTM 生物資訊軟體分析於肺癌組織表現量較高的 153 個蛋白質之生物路徑(pat

hway analysis)........................................................103圖五、利用MetaCoreTM 生物資訊軟體分析於肺癌組織表現量較低的 229 個蛋白質之生物路徑(pathway analysis)........................................................104圖六、整合三個肺腺癌細胞株之分泌蛋白質體資料庫....................................105圖七、挑選早期偵測肺癌生物標記候選蛋白分子之策略...............

...................106圖八、以西方點墨法驗證8 個候選蛋白分子..........................................107圖九、8 個候選蛋白分子在46 對成對的肺腺癌病人正常肺組織與腫瘤組織樣品的統計結果.......109圖十、8 個候選蛋白分子在22 對成對N0 (無區域淋巴結轉移)肺腺癌病人正常肺組織與腫瘤組織樣品的統計結果................................................................111圖十一、 8 個候選蛋白分子在22 個肺癌病人N＝0 (無區域淋巴結轉移)及24

個肺癌病人N≧1(包含N1 及N2)肺腺癌病人腫瘤組織樣品的統計結果...................................113圖十二、以免疫組織化學染色法驗證LCT-001、LCT-002、LCT-003、LCT-004、LCT-006、LCT-007、LCT-008...................................................................114圖十三、以免疫組織化學染色法驗證7 個候選蛋白分子在成對肺組織的表現..................115圖十四、AIMS 實驗流程簡略圖...............

...................................116圖十五、以西方點墨法測試LCT-007 抗體及LCT-007 抗原是否可以相互辨識................117圖十六、以間接免疫分析法測試LCT-007 抗體是否可辨識完整構型的LCT-007 抗原...........118圖十七、以三明治酵素連結免疫吸附分析法所作出的標準曲線圖形.........................119圖十八、驗證LCT-007 在肺癌病人及健康人血清中之濃度..............................120圖十九、以西方點墨法驗證LCT-005 boost

1 serum 效價............................121圖二十、以西方點墨法驗證LCT-005 boost 1 serum 是否含有anti-LCT-005 short formantibody.................................................................122圖二十一、LCT-005 一級結構示意圖.............................................123圖二十二、LCT-007 表現量於肺癌組織樣品與血清樣品中的相關性....................

...124附表一、腫瘤組織定量蛋白體資料庫之蛋白質及胜肽質譜資訊............................125

頭頸癌患者血液中粒線體去氧核醣核酸的表現

為了解決cb1100rs分期的問題，作者林巧峰 這樣論述：

背景 粒線體(mitochondria)是人類將三大營養素醣類，脂肪，蛋白質氧化為能量(Adenosine triphosphate, ATP)及水和二氧化碳的胞器。其失能可造成許多先天性疾病。人體細胞隨代謝反應的不同，有300-2000個粒線體。每個粒線體含有 2-10個拷貝的去氧核醣核酸(DNA)，每一個細胞約有1000-10000個拷貝的粒線體去氧核醣核酸(mtDNA)。因粒線體是去氧核醣核酸接近氧化還原反應最激烈的地方，且沒有組織體的保護，故容易遭到破壞。而增加粒線體去氧核醣核酸被認為是一種代償的機制。再者近期發現粒線體去氧核醣核酸的異常和各種癌症如食道癌，頭頸癌有關。目的 探討

血液中粒線體去氧核醣核酸拷貝數和頭頸癌之間的關係。材料和方法 本研究共收集75位頭頸癌男性患者和80位無惡性腫瘤之男性對照組血液及臨床資料。以即時定量聚合酶鏈連鎖反應(RT-qPCR)方法檢測線粒體去氧核醣核酸的相對拷貝數。統計以t test 統計類別變項，ANCOVA統計連續變項。存活狀況以Keplan-Meire及對數等級(log rank)檢定統計，並以Cox比例風險比例模型( The Cox proportional hazard ratio models )找出影響存活的獨立因子。相對的粒線體去氧核醣核酸(mtDNA)拷貝數的診斷價值，則進行receiver operating

characteristic (ROC)分析;並以Yoden''s index找出最優臨界點。結果 頭頸癌患者血液中之粒線體去氧核醣核酸拷貝數顯著高於對照組(中位數8.22 及 4.84，p 17.55(第三個四分位數)，具有較高的淋巴結轉移(N)，遠處轉移(M)，和較後的癌症分期(p值分別為0018, 0.022,