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國立清華大學 分子與細胞生物研究所 李文雄所指導 杰羅姆的 台中在來 1 號⽔稻基因體的組裝和註釋有助於了解其性狀 （2021），提出ram-108nk 1對2關鍵因素是什麼，來自於台中在來 1 號。

而第二篇論文臺北醫學大學 保健營養學系碩士班 林士祥所指導 鄧筑云的 木寡糖對於高脂飲食小鼠腸道菌相、腦部蛋白質表現，以及脂質組成之影響 （2021），提出因為有 腸道菌相、脂質體學、高脂飲食、木寡糖、認知功能的重點而找出了 ram-108nk 1對2的解答。

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台中在來 1 號⽔稻基因體的組裝和註釋有助於了解其性狀

為了解決ram-108nk 1對2的問題，作者杰羅姆 這樣論述：

台中在來 1 號（TN1）是IR8 “奇蹟稻” 的姊妹品種，它開啟了水稻綠色革命（GR）。 TN1 和 IR8 均為低腳烏尖 (Dee-geo-woo-gen, DGWG) 栽培種的直系子代。因此，我們對 TN1 的基因體進行了測序和組裝。它由 PacBio 和 Illumina 二個平台組合測序。基因體主要由 Canu 使用 PacBio 長讀序資料重新組裝。以 R498為參考的基因體，參考RaGOO引導組裝方法輸出染色體水平的組裝，N50 為 33.1 Mb，基因體大小為 409.5 Mb。然後，使用 Illumina 讀值來改善組裝的基因體，包括校正測序錯誤。 TN1 基因體中共預測了

37,526 個基因，其中 24,102 個基因被 Blast2GO鑑定了功能。這種高品質的組裝和註釋與 IR8、MH63 和 IR64 的組裝和註釋，一起用於建立具有 16,999 個核心直向同源組的綠色革命水稻的泛基因體。通過 GR 泛基因體，我們能夠解開 TN1 和 IR8澱粉合成基因的差異，這可能與它們的穀粒產量差異有關。我們還研究了它們的開花基因，以闡明它們對光週期不敏感的基因體基礎。對 TN1 和 IR8 的 sd1（半矮性）基因的分析更正了382 bp 片段的缺失，並通過 Sanger 測序進行驗證。 sd1 基因的外顯子-內含子結構在 TN1和 IR8 之間也不同；前者俱有與

日本晴相關的缺失模式，其中外顯子 1 的後半部分至第二外顯子的一部分丟失。但是，在 IR8 sd1 的註釋中並非如此。我們還研究了為什麼 TN1 易受稻熱病影響。以抗稻熱病 Tetep 品種的基因為參考，我們發現 R 基因 Pi-ta 發生突變，使 Pi54 缺失。來自 3,000 水稻基因體測序的栽培品種的單倍型分析，也支持我們的結論。由這兩個基因的解序，我們懷疑 Pi54 的缺失是 TN1 對稻熱病高感性的部分原因。 TN1 的基因體分析提供了對綠色革命早期歷史的瞭解，並可能為提高糧食產量和抗病能力提供線索。

木寡糖對於高脂飲食小鼠腸道菌相、腦部蛋白質表現，以及脂質組成之影響

為了解決ram-108nk 1對2的問題，作者鄧筑云 這樣論述：

由於飲食西方化的普及，脂肪攝取量增加，造成肥胖及代謝疾病的盛行率居高不下。中年肥胖及代謝異常是提高晚年認知功能障礙風險的因素之一，同時也會造成腸道菌相失衡的情況。微生物－腸－腦軸線被視為是近期極具潛力之神經退化性疾病領域治療方向。而木寡糖是一種益生質，可以被腸道菌選擇性發酵，並改變腸道菌相組成，進而對宿主健康帶來有益影響。因此本研究旨在探討木寡糖介入是否能因為腸道菌相改善，進而改變高脂飲食所造成認知功能衰退及改善腦部認知功能相關蛋白質表現及脂質組成。C57BL/6 小鼠攝取正常對照或 60% 高脂飲食 9 週後，於 37 週齡時依據攝取木寡糖劑量各分成無、低、高劑量木寡糖組共 6 組。木寡糖

介入 12 週後，於小鼠 49 週齡時，以行為試驗 Morris water maze (MWM) 測試空間學習及記憶能力，並採集糞便分析腸道菌相、海馬迴中與認知功能有關蛋白質表現量及脂質組成。結果顯示，小鼠在攝取木寡糖後，改善了因高脂飲食所造成的肥胖、體脂肪組成及海馬迴萎縮；在血液生化數值同樣發現空腹血糖及總膽固醇降低。而介入木寡糖不僅能改善代謝指標，同時也能提升空間學習及記憶能力，並在海馬迴中觀察到類澱粉斑塊堆積減少、腦源性神經營養因子增加，以及神經發炎的情況降低；腦部脂質組成也在木寡糖介入後，改變了高脂飲食所造成的 glycerolipids 代謝路徑變化。從腸道菌相分析發現攝取木寡糖後

，能調節免疫力之 Faecalibacterium增加，綜合上述結果，推論木寡糖可能透過增加腸道中好菌，以影響腦部中脂質組成，進而改善小鼠腦部與認知功能障礙有關的病理指標，以延緩其空間學習及記憶能力衰退的情況。

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